万历十年六月二十日(新历7月9日)，张居正病逝，撒手人寰。死后，神宗为之辍朝，赠上柱国，谥“文忠”。他带着平生的抱负埋入了江陵的墓地。张居正一切的改革着已于地主阶级的长远利益，因而不得不在某些方面损害一些官僚、大地主的利益。他死后，有些人就开始了肆意的报复和攻击。而神宗呢? 居正在位时，他不是一直尊其为师吗?那是出于需要与无奈。他早已耿耿于居正的震主之威。作为一个声名显赫的历史文化名人，辅佐年幼的万历皇帝十多年，一人之下万人之上的内阁首府。万历皇帝为何恨毒张居正?一代名相与李太后之间真的有暧昧?

　　我们都知道，明朝出现的皇帝各个身上都带有按现在说就是”奇葩“的事，而在一系列奇葩的事情之中，万历皇帝无疑是最为有趣的皇帝之一，他的一生可以既可以说糊涂着(做了28年的皇帝除登基外，几乎不上朝，天天吃喝玩乐，但最意外的是一个皇帝不上朝的国家，竟然风调雨顺，国泰民安。)，又可以说别扭着(想要废掉自己不喜欢的长子，改立自己喜欢的郑贵妃的儿子，结果和大臣展开了数年的斗争，不过不管怎么打怎么吵，太子就是不能换，最后老娘一句”汝为宫婢之子“彻底把万历打趴)，不过不管怎么说，张居正对万历皇帝的一生都是产生了强大的影响力的。

　　童年时候的万历皇帝朱翊钧，是个极其早慧的孩子。他被立为太子，是在隆庆二年(1568年)，而他的母亲李氏，并非朱载垕的正房，他做太子后，后宫之主是没有子嗣的陈皇后。而后随着万历正式登记，在经历为隆庆皇帝的两位遗孀上尊号时，由于陈皇后是正式所以当然的升为皇太后，但万历的亲母李贵妃作为皇上的生母，按理说也可以进封皇太后的。但是，为了显示两个皇太后的差别，则应在陈皇太后前边加两个字的尊号。但在冯保与张居正商量:鉴于李贵妃担负着小皇上的监护作用，两宫太后不应该有差别，都应加两个字尊号。虽然，这件事在礼部实施过程中遭到一些官员的反对，但因张居正的强力支持，最终获得通过。陈皇后的尊号是仁圣皇太后，李贵妃是慈圣皇太后。从此，两宫太后遂无差别。而这一手段也为李太后进入朝廷内部最好了位置基础。

　　不过不管怎么说，一个28岁的女人，一个10岁的孩子，如何才能运行好朝政呢?这下张居正就进入了他们的眼前。短短的一个月时间，李贵妃换掉了内相外相，冯保与张居正联袂登场，从而拉开了万历新政的序幕。而正是这一序幕的拉开，也将李太后与张居正紧紧的拉在了一起。

　　李太后对待自己的儿子万历皇帝，管教极严，儿子登基的头几年，她将国事托付给张居正，而让儿子以读书为主。皇帝读书，叫出经筵。张居正亲自给万历皇帝挑选了六位讲臣。每逢在文华殿听讲归来，李太后便邀来陈太后，让儿子将听讲的内容复述一遍。小皇上讲完了，李太后就问陪皇上听讲的冯保，皇上讲的是否有错漏。如果全部都讲对，就给予褒奖;如果有错漏，就给予惩处。有好几次，小皇上因为逃学而被罚长跪。

　　但随着万历的成长，万历大婚后李太后就不在时刻管理万历的言行，但就在万历如释重负后，一日他叫来两位宫女要他们唱时令新曲。而所谓时令新曲，类似于今天的流行歌曲，但在明朝时它就是艳曲。两位宫女不会唱结果万历就要将二人斩首，幸好身边的侍从阻拦才没有，但是隔天李太后就知道了，知道后大怒，直接跑到奉先殿祭告亡夫，竟然作出撤销万历皇帝的九五至尊地位的决定，改让潞王继承皇位。万历吓得三魂出窍，六魄离身。他跑到李太后面前长跪不起，乞求得到宽恕，并保证悔过自新。李太后在陈太后的一再劝说下，终于松了口气，但仍坚持说:“能不能留你，要看张先生的态度。”张居正在李太后的授意下，写了一道劝诫皇上“慎起居”的奏疏。《明史·李太后传》中说张居正“具疏切谏”，过几天，张居正又遵李太后的懿旨，替万历皇帝代草“罪己诏”颁示天下，此场风波才告平息。而正是这件事后万历对张居正深为倚赖，信任有加;但在内心中深处更潜藏了一份不满，而这不满的就来自张居正与李太后之间。